Die Sumpfregenwälder Borneos sind nicht zuletzt für das Weltklima von hoher Bedeutung. Die bis zu 20 Meter tiefen Torfböden speichern riesige Mengen Kohlendioxid (CO2), die bei Brandrodungen und Entwässerung durch künstlich angelegte Kanäle freigesetzt werden. Allein im 3'770 km² grossen Mawas-Gebiet ergibt das 1.200.000.000 (1.2 Giga) Tonnen CO2. In der Schweiz wurden 2010 zum Vergleich 39.560.000 (39.56 Millionen) Tonnen CO2 freigesetzt.
Würden die Wälder zumindest nachhaltig bewirtschaftet, das heisst die von ihnen benötigte Zeit zur natürlichen Regeneration berücksichtigt, wäre die Kohlendioxid-Speicherfunktion der Torfschichten beständig und würde durch Bindung des CO2 sogar etwa zwei Millimeter im Jahr wachsen.
Das Ziel von BOS ist daher, Waldgebiete, in denen wilde Orang-Utan-Populationen vorkommen, zu erhalten und nahrungspflanzenreiche Waldgebiete, in denen keine wilden Orang-Utans leben, als Auswilderungsgebiete für rehabilitierte Orang-Utans zu erhalten. In beiden Fällen wird das im Boden gelagerte CO2 ebenfalls erhalten. Orang-Utan-Schutz ist daher auch direkter Klima-Schutz.
Um die Abholzung in diesen Gebieten zu vermeiden, arbeitet BOS eng mit der lokalen Bevölkerung zusammen. Zum Beispiel im 3'770 km² grossen Mawas-Schutzgebiet in Zentral-Kalimantan, an dessen Rändern über 50 Gemeinschaften mit insgesamt rund 20'000 Haushalten leben. Die BOS Foundation verwaltet das Mawas-Gebiet seit 2001 auf der Basis eines Übereinkommens mit der Zentralregierung in Jakarta und mit den lokalen Gemeinschaften. BOS ist die grösste Organisation, die in diesem Gebiet arbeitet. Seit 2005 kooperiert BOS mit der lokalen Bevölkerung. Dabei vermitteln die Mitarbeiter der Organisation verschiedene Einkommen generierende Projekte, in denen verschiedene Dorfgemeinschaften von neu trainierten Kompetenzen profitieren sollen. Diese Projekte sind wichtig für den Schutz erneuerbarer natürlicher Ressourcen, die traditionell seit langer Zeit von den lokalen Gemeinschaften genutzt wurden (Rattanproduktion und -vermarktung, Fischzucht, Gummiproduktion usw.). Über die verbesserte Vermarktung der Produkte soll das Einkommen der lokalen Gemeinschaften dauerhaft gesteigert werden. Ein Ziel der Projekte ist, die Notwendigkeit der Dorfgemeinschaften zu illegalen Aktivitäten wie Holzeinschlag oder Wilderei zu beenden.
Eine weitere Bedrohung ist die legale Vergabe von Landnutzungskonzessionen der Provinzregierungen an internationale Minengesellschaften. Die Provinz Zentral-Kalimantan verfügt über sehr grosse Holzkohlevorkommen, die von ausländischen Bergbaufirmen abgebaut und exportiert wird. Die Firmen kaufen zudem der lokalen Bevölkerung billig ihr Land ab, um den Rohstoff bis an die Dorfränder abzubauen. Die einst grünen Flächen werden schwarz und reichen zum Teil direkt bis an die Häuser der Anwohner heran. Obwohl die Firmen gesetzlich verpflichtet sind, nach Ende ihrer Abbautätigkeit das Land zu renaturieren, geschieht dies häufig nicht. Die Firmen ziehen ab und überlassen der Bevölkerung das zerstörte Land.
Im KFCP-Projekt (Kalimantan Forest Carbon Partnership) des Mawas-Schutzgebietes in Zentral-Kalimantan arbeiten Australien und Indonesien gemeinsam an der Entwicklung und Umsetzung von REDD-Aktivitäten (REDD = Reducing Emissions from Deforestation and Degradation / Verringerung von Emissionen aus Entwaldung und zerstörerischer Waldnutzung). BOS setzt im Rahmen des KFCP-Managements zahlreiche Massnahmen zum Schutz des Mawas-Gebietes um, z.B. Feuerschutz oder ländliche Entwicklung.
Inmitten des von BOS verwalteten Mawas-Schutzgebietes liegt das Forschungszentrum Camp Tuanan, in dem indonesische und internationale Wissenschaftler Forschungsarbeiten an wild lebenden Orang-Utans durchführen. Die Station wird in Zusammenarbeit mit BOS vom Institut für Anthropologie der Universität Zürich geleitet und genutzt.
