Die grösste Bedrohung für Orang-Utan-Populationen ist der andauernde Verlust ihres Lebensraumes. Während der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts verschwanden mehr als die Hälfte des Regenwaldes auf Borneo und mehr als 80% des direkten Lebensraums der Orang-Utans wurde zerstört. Schlecht verwaltete Entnahme von Tropenholz zusammen mit der Umwandlung von ehemals bewaldeten Flächen in landwirtschaftlich genutzte Anbauflächen (sowohl für die Subsistenzwirtschaft als auch für die kommerzielle Nutzung) bedrohen das Überleben der "roten Waldmenschen" immer mehr. Da Orang-Utans vollkommen von Nahrungsbäumen für ihre Existenz abhängig sind, stellt deren Zerstörung eine Katastrophe für jeden Aspekt ihres Lebens dar. Besonders da ihre Nahrungsbäume patchworkartig im Wald verteilt sind. Wird ein Waldabschnitt zerstört, in dem diese Bäume angehäuft wachsen, können Orang-Utans nicht einfach in benachbarte Gebiete ausweichen, wenn ihre Nahrungspflanzen dort nicht im gleichen, d. h. ausreichenden Mass vorkommen. Kommen die Nahrungspflanzen doch ausreichend vor, besteht das Risiko, dass dort bereits andere Orang-Utans leben und es zu Konkurrenzsituationen kommt.
Verschlimmert wird diese schon bedrohliche Situation noch dadurch, dass die meisten Abholzungen in Sumpfwaldgebieten stattfinden, also dort, wo im Vergleich zu allen Waldtypen auf Borneo die höchste Dichte an Orang-Utans vorkommt. Sumpfregenwälder bieten Orang-Utans die besten Lebensbedingungen und liegen meist um Flüsse herum. Da die Flüsse praktikable Transportwege für Baumstämme sind, wurde dort in der Vergangenheit zuallererst abgeholzt. Aus ihrem Lebensraum verdrängte Orang-Utans überleben im Allgemeinen nicht, und verschwinden aufgrund von Erkrankung, Jagd oder Fang für den illegalen Tierhandel. Da Holzfirmen selten Rücksicht auf die natürliche Regeneration des Waldes nehmen, wird dieser schneller zerstört als er nachwachsen kann. Ölpalm-Plantagen stellen eine zunehmend ernste Bedrohung für den Lebensraum von Orang-Utans dar. Die unzureichende Umsetzung von Vorschriften und Gesetzen tragen zu dieser Situation seit langem bei.
Nach Angaben der Vereinten Nationen werden im Jahr 2022 etwa 98% der Regenwälder weltweit zerstört sein. Die rasante Abholzung tropischer Primärwälder, die massive Ausbreitung von uniformen Ölpalmplantagen, grossflächig zerstörerische Waldbrände und der nationale sowie internationale Tierhandel treiben den Rückgang der Verbreitungsgebiete und das Aussterben der letzten Orang-Utan-Populationen weiter voran.
